Als Theologe setzte Johann Anastasius Freylinghausen eigene Akzente, besonders mit seiner Grundlegung der Theologie, eine der wenigen Dogmatiken des halleschen Pietismus.

Sein größter Verdienst war aber die Herausgabe des pietistischen Gesangsbuches, von dem 1704 der erste und 1714 der zweite Band erschien.
Das "Geistreiche Gesangbuch" wurde mit 19 Ausgaben bis 1759 eines der meistverkauften Bücher des zu den Glauchaschen Anstalten gehörenden Waisenhaus-Verlags, und noch heute finden sich in Gesangbüchern Texte und Melodien von Kirchenliedern, die ursprünglich aus dem Freylinghausen´schen Gesangbuch stammen.

Nicht zu unterschätzen sind allerdings auch die regelmäßig abgehaltenen Singstunden, die sich aus privatem Musizieren und Singen heraus entwickelten und die sich großer Beliebtheit bei den Hallensern erfreuten. Es spricht für sich, daß nach kurzer Zeit der große Versammlungssaal des Waisenhauses gefüllt wurde.
Heute trägt dieser Saal in den Franckeschen Stiftungen den Namen des berühmten Gesangbuchherausgebers.
Im Jahr 1727 übernahm Freylinghausen von Francke die Leitung der Stiftungen, sowie das Pfarramt an St. Ulrich. Doch bereits ein Jahr später wurde er durch einen Schlaganfall in seiner Arbeitskraft sehr eingeschränkt.
Am 12. Februar 1737 verstarb er im ehemaligen Franckeschen Wohnhaus.